คณะครุศาสตร์เปิดสอนระดับบัณฑิตศึกษา จำนวน 4 หลักสูตร ได้แก่
1. หลักสูตรครุศาสตรดุษฎีบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารการศึกษา หลักสูตรใหม่  พ.ศ. 2550
2. หลักสูตรครุศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการจัดการการเรียนรู้  หลักสูตรปรับปรุง  พ.ศ. 2556
3. หลักสูตรครุศาสตรมหาบัณฑิต สาขาวิชาการบริหารการศึกษา  หลักสูตรใหม่  พ.ศ. 2557
4. หลักสูตรประกาศนียบัตรบัณฑิตวิชาชีพครู หลักสูตรใหม่ พ.ศ. 2557

สามารถดูรายละเอียดของหลักสูตรได้ที่ สำนักงานคณะกรรมการบัณฑิตศึกษา มหาวิทยาลัยราชภัฏพระนครศรีอยุธยา